Tek başına denizin ortasında hayatta kalmaya çabalayan bir adam bir balıkçı teknesi tarafından kurtarılır. Adam yavaş yavaş kendine gelmeye başladığında geçmişine dair hiçbir şey hatırlamadığı anlaşılır.

Çavuş Roy Miller ve ekibi, Irak çölünde depolandığından kuşkulanılan kitle imha silâhlarını bulmak üzere görevlendirilir ve ölümcül kimyevi maddelerin peşine düşerler

Artık hafızası geri gelen ve kim olduğunu hatırlayan Bourne, geçmişindeki sırları keşfetmeye karar veriyor.